Durante una conferencia de prensa del 31 de mayo de 2022 se le preguntó al presidente Andrés Manuel López Obrador sobre los planes para el Tren Maya ante la suspensión definitiva del tramo cinco. La cual fue dictada el 30 de mayo por un juez de Distrito de Yucatán. El mandatario aseguró, se acudirá a las instancias y procesos correspondientes para impedir el proceder del amparo y señaló que, en este tramo de 121 kilómetros, tienen intereses empresas como Xcaret y Calica.
Sobre Calica, el presidente expuso el daño ambiental que implica la minería debajo del manto freático realizada por esta empresa subsidiaria del grupo estadounidense Legacy Vulcan. En un video presentado en la conferencia, se mencionó la clausura y sanciones administrativas de parte de la Procuraduría Federal de Protección al Ambiente (Profepa) impuestas a Calica, alrededor de 2018. Esto por un aprovechamiento de la roca caliza en una superficie y temporalidad mayor a lo autorizado. Según el video, la compañía estadounidense respondió con una demanda contra el Estado mexicano con una reclama por compensación de más de mil 500 millones de dólares.
Con anterioridad, la Secretaría de Medio Ambiente y Recursos Naturales (Semarnat) reconoció la responsabilidad de administraciones anteriores de la secretaría respecto a los impactos al medio ambiente causados por concesiones a Calica. En un comunicado de febrero de 2022 detallan que el predio La Rosita, de mil doscientas hectáreas en Quintana Roo, es el de mayor afectación medioambiental.
Entre las afectaciones asociadas a Calica y la minería debajo del manto freático se encuentra la pérdida definitiva e irrecuperable del subsuelo, afectaciones a los acuíferos y a los ecosistemas. La secretaría también destaca los impactos previos en la superficie por la minería a cielo abierto, entre ellos la destrucción de la flora y la fauna, con un "daño insalvable a la zona", asegura. Este comunicado menciona también que el Estado mexicano se encuentra en un arbitraje internacional en torno a este tema.
Respecto a Xcaret, el presidente aseguró la existencia de una investigación en torno a la afectación de cenotes en la zona. Previamente, en la conferencia matutina del 27 de abril de 2022, la licenciada Ana Elizabeth García Vilchis tocó el tema en la sección "Quién es quién en las mentiras de la semana". Entonces mencionó que, en la construcción de un nuevo desarrollo en Valladolid, Yucatán, el grupo Xcaret está uniendo cenotes, creando ríos subterráneos y perforando el subsuelo.
Según la titular de la sección, se trata de Xibalba, un proyecto de reserva natural exclusiva de grupo Xcaret, una construcción actualmente clausurada por la Profepa. Con esta obra se han perforado cenotes y abierto túneles subterráneos de manera ilegal, causando daños ambientales irreversibles. También se modificaron paredes, techos, bóvedas; se desviaron ríos subterráneos, se ampliaron cavidades y colocaron vigas en los cenotes, entre otras violaciones a las leyes ambientales, aseguró García Vilchis. Esta clausura de la Profepa a la obra de Xcaret la han documentado diversos medios de comunicación nacionales y locales, durante 2021 y 2022.
"El problema del Tren Maya está exactamente en ese pedacito donde pasan sus terrenos, nada más", expuso el periodista Amir Ibrahim, de Quintana Roo Mx, en relación a Xcaret y Calica. " No van a poder detenernos, no van a imponerse los intereses particulares, no van a estar por encima del interés general", aseguró AMLO durante la exposición sobre el tema del Tren Maya.
Aunque varios activistas medioambientales denuncian potenciales daños al ecosistema con la construcción del Tren Maya, el gobierno federal mantiene su postura que su construcción es sostenible en esta materia. Además insiste en denunciar los intereses de varios grupos empresariales en la región, cuyas obras implican un daño ambiental significativamente mayor al del Tren Maya, según el criterio oficialista.