El modo historia de NARUTO X BORUTO Ultimate Ninja STORM CONNECTIONS también incluye una historia original diseñada exclusivamente para el juego y centrada en Boruto. La historia también introduce nuevos personajes originales en el mundo ninja, diseñados y desarrollados para este juego.
La historia tiene lugar durante los acontecimientos de BORUTO, cuando el Mundo Ninja vuelve a estar en paz con Naruto como Hokage.
Boruto descubre un popular juego online, "Ninja Heroes", y conoce a Nanashi, una navegante del juego. Mientras tanto, algo inusual sucedía en el mundo real y la Quinta Gran Guerra Ninja estaba a punto de estallar. Mientras el Mundo Ninja se sumía en el caos, Boruto se dio cuenta de que un misterioso hombre, Merz, intentaba iniciar la guerra.
Los dos personajes originales, Nanashi y Merz, serán la clave de la historia, así que espera con impaciencia descubrir cómo Boruto y ambos se verán envueltos en la historia.